Декарт сформулировал четыре правила метода в науках естественных. Адекватным методом сознания он считал интроспекцию, а в отношении страстей — сочетание интроспекции с естественно-научным методом.
Впервые систематическое сомнение используется как методический прием в целях философского и научного исследований.
Декарт сомневается в достоверности чувственного мира, т. е. «в том, имеются ли среди тех вещей, которые подпадают под наши чувства, или которые мы когда-либо вообразили, вещи, действительно существовавшие на свете». О них мы судим по показаниям органов чувств, которые часто обманывают нас, следовательно, «неосмотрительно было бы полагаться на то, что нас обмануло хотя бы один раз».
Мышление — это чисто духовный, абсолютно бестелесный акт, который Декарт приписывает особой нематериальной мыслящей субстанции. Мыслящая вещь, или субстанция, вся сущность или природа которой состоит в одном мышлении,— это душа. В трактовке рефлекса как механизма, совершенно независимого от психики, проявляется механистическая односторонность Декарта.
Душа соединена со всем телом, но наиболее ее деятельность связана с мозгом, точнее, по Декарту, не со всем мозгом, а только с частью его, «расположенной глубже всех». Душа помещается в очень маленькой железе, находящейся в середине мозга; в силу своего положения она улавливает малейшие движения живых духов. Но и душа может вызвать различные движения; природа души такова, что она получает столько различных впечатлений. Единственным средством познания души, по Декарту, является внутреннее сознание. Это познание яснее и достовернее, чем познание тела. Сознание есть то, как оно выступает в самонаблюдении. Психология Декарта идеалистична. Чувства, по Декарту, предметны, в этом их главная особенность. Декарт различал первичные и вторичные страсти. Первичные страсти появляются в душе при ее соединении с телом и суть следующие шесть: удивление, желание, любовь, ненависть, радость, печаль. Их назначение — сигнализировать душе, что полезно телу, а что вредно. Они приобщают нас к истинным благам, если возникают на истинном основании, и совершенствуют нас. Все прочие страсти являются видами первичных и образуются при жизни.
Задача воспитания страстей. Декарт уверен в неограниченных возможностях человека в отношении воспитания страстей. В борьбе с нежелательными страстями являются разум и воля. От разума зависит знание жизни, на котором основывается оценка предметов для нас, а от воли — возможность отделить мысль о предмете от движений животных духов, возникших от этого предмета, и связать их с другой мыслью о нем. Воля может не подчиниться страсти и не допускать движений, к которым страсть располагает тело.